De ambtelijke organisatie van Waterschap Peel en Maasvallei ziet er per 1 januari 2010 als volgt uit
De afdeling Kennis en Advies adviseert het waterschapsbestuur over verschillende ontwikkelingen op het gebied van water die belangrijk zijn voor het waterschapsbeleid. Zo onderzoekt deze afdeling bijvoorbeeld hoe bepaalde planten en diertjes in het water zich gedragen als gevolg van veranderingen in de omgeving van het water.
De afdeling Projecten en Veiligheid houdt zich bezig met verschillende projecten. Deze afdeling maakt plannen over het herstellen van de natuur van beken en sloten door deze bijvoorbeeld opnieuw te laten kronkelen. Ook maakt de afdeling plannen om verdroging in verschillende gebieden tegen te gaan en voert deze uit. Een ander taakveld van deze afdeling is aanleg en het beheer van waterkeringen. Hieronder valt ook het actueel houden van het bestrijdingsplan Maashoogwater.
De afdeling Beheer en Onderhoud Watersystemen is verantwoordelijk voor al het onderhoud en beheer van beken, sloten en kades. Zo zorgt de afdeling er bijvoorbeeld voor dat er op tijd gemaaid wordt, zodat beken en sloten niet dichtgroeien. Er worden reparaties uitgevoerd aan stuwen. En de afdeling zorgt voor de muskus- en beverrattenbestrijding.
De afdeling Vergunningen en Handhaving verleent vergunningen en ziet toe op de naleving van de bij of krachtens wettelijke regelingen gestelde regels. Door organisatiewijziging (nu) en invoering Waterwet - Wet algemene bepaling omgevingsrecht (2009 - 2010) is er veel dynamiek op het terrein van vergunningen en handhaving. Dit betekent ondermeer dat de wetgeving op termijn verandert en er een integrale watervergunning afgegeven zal worden.
De afdeling Middelen zorgt dat de andere afdelingen middelen hebben om hun werk te kunnen doen: een goede boekhouding, computers, kabels en software, een gebouw, kantoorinventaris en een juridische afdeling die de belangen van het waterschap ten opzichte van anderen verdedigt. Het Stafteam Planning en Control is als separaat team opgenomen onder de afdeling Middelen en ondersteunt de directie op het gebied van onder andere de financiën.
De afdeling Bestuursondersteuning en Communicatie bestaat uit twee stafteams. Het stafteam Bestuursondersteuning bereidt bestuursvergaderingen voor. Het stafteam Communicatie verzorgt de communicatie naar en van het bestuur en de interne afdelingen, burgers, belangenverenigingen en de pers.
